Organizovanje stalne bakteriološke epidemiološke stanice 1923. godine može se smatrati početkom institucionalnog organizovanja današnjeg Zavoda za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona.

Ustanovljen je 1923. godine kao okružna bakteriološko-epidemiološka stanica. U njegovom oblikovanju i smještanju na današnju lokaciju na tzv. „Kapiji“, u ulici Seadbega Kulovića broj 6. u Tuzli velike zasluge imaju dva doktora epidemiologa iz Beča dr. Jozef Katz i dr. Rudolf Fišer. Povod njihovog dolaska u Tuzlu bila je velika epidemija kolere kada je na području okruga Tuzla oboljelo 712, a umrlo 367 ljudi.

Odlukom Ministarstva zdravlja Bosne i Hercegovine 1945. godine, Okružna bakteriološko-epidemiološka stanica je preustrojena i preimenovana u Sresku epidemiološku stanicu (SES) koja je u svom sastavu imala protiv-epidemiološku službu i mikrobiološki laboratorij. U zgradi  sreske epidemiološke stanice Tuzla u tom periodu bio smješten i antitrahomski i kožno-venerični dispanzer. U periodu od 1952-1954 godine razvija se mikrobiološka laboratorija, adaptira se prostor za uzgoj zamoraca, a po prvi put se uvodi i mikrobiloški ogled za nastavljanje dijagnosticiranja tuberkuloze i otpočinje se sa proizvodnjom hranjivih podloga, izolacijom i identifikacijom mikroorganizama.

Sreska epidemiološka stanica u Tuzli je nakon nekoliko međuoblika, (Higijensko-epidemiološka služba, Higijenski zavod Tuzla, kasnije  Zavod za zdravstvenu zaštitu Tuzla i danas Zavod za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona), nasljeđujući i uključujući u svom sastavu kontinuiranu tradiciju imala nekoliko ranijih ustanova.

U periodu od 1958-1959 godine, Sreska epidemiološka stanica u Tuzli prelazi u nadležnost Oblasnog odbora u Tuzli. U sklopu Doma zdravlja u Tuzli 1958. godine osniva se Higijensko-epidemiološka služba (HES) koja djeluje na području grada i okolnih sela. U sastavu Higijensko-epidemiloške službe bio je i Kožno-venerični dispanzer (KVD).

U periodu između 1963-1964. godine dolazi do reintegracije Opšte bolnice, Dispanzera za tuberkulozu pluća i Sreske epidemiološke stanice pod nazivom „Higijenski zavod Tuzla“, nakon čega, 1971.godine ponovo dolazi do integracije Opšte bolnice, Doma zdravlja, Bolnice za tuberkulozu pluća i Zavoda za zdravstvenu zaštitu u kojoj se Higijensko-epidemiološka služba pripaja Zavodu za zdravstvenu zaštitu Tuzla.                      

Godine 1975. Zavod za zdravstvenu zaštitu seli u tada novo izgrađenu zgradu Doma zdravlja Tuzla. Objedinjuju se sve laboratorije u kojima je postojala mikrobiologija i formira se Služba za mikrobiologiju, koja u oktobru 1978. godine prerasta u Zavod za mikrobiologiju i izlazi iz sastava Zavoda za zdravstvenu zaštitu Tuzla.

Na referendumu u Tuzli koji je sproveden  2.oktobra 1978. godine, zaposlenici u zdravstvu su se  izjasnili o prihvatanju Samoupravnog sporazuma o udruživanju u Složenu organizaciju udruženog rada «Regionalni medicinski centar dr.Mustafa Mujbegović Tuzla» kojim Zavod za zdravstvenu zaštitu, u okviru SOUR-a postaje Radna jedinica br.1/21 pod nazivom ”Javno zdravstvo-Tuzla”.

A zatim, na referendumu održanom u maju 1983. godine, Radna jedinica ”Javno zdravstvo-Tuzla” se izdvaja iz RMC-a ”Dr.Mustafa Mujbegović Tuzla” i tada mjenja naziv u RO ”Zavod za zdravstvenu zaštitu Tuzla” i ponovo se seli u staru, ali adaptiranu zgradu, u kojoj je osnovana. Okružna bakteriološko-epidemiološka stanica i u kojoj se nalazi i danas.

Donošenjem zakona o zdravstvenoj zaštiti („Sl.novine Federacije BiH“ broj 29/97) zavod djeluje pod nazivom Zavod za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona Tuzla.

Donošenjem Statuta Zavoda za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona dana 06.04.2010. godine zavod djeluje pod nazivom: Zavod za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona
Razvoj zavodskih djelatnosti tokom vremena, iziskivao je dogradnju i adaptaciju prostornih kapaciteta s prostorima za epidemiologiju, higijenu, socijalnu medicinu, zdravstvenu statistiku informatiku i ekonomiku zdravstva, te laboratorijsku dijagnostiku.

Od osnivanja pa do danas Zavod pokriva specifičan dio medicine koji se ne bavi pretežno dijagnostikom, liječenjem i rehabilitacijom oboljelih osoba (tzv. kurativnom medicinom) već je usmjeren pretežno ka sprečavanju nastanka bolesti tj. preventivi i njihovom suzbijanju, kreiranjem i primjenom posebnih, tzv. javnozdravstvenih mjera, namijenjenih u pravilu velikom broju ljudi odnosno cijelom stanovništvu, s ciljem zaštite i unapređenja zdravlja i zdravstvene zaštite stanovništva u cjelini.

Djelovanje današnjeg Zavoda za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona određeno je s više zakona i dokumenata od kojih je najvažniji Zakon o zdravstvenoj zaštiti i Statut zavoda za javno zdravstvo kojeg usvaja Vlada Tuzlanskog kantona.
U skladu s tim dokumentima Zavod za javno zdravstvo prati sve faktore, koji utiču na zdravlje stanovništva Tuzlanskog kantona kao cjeline, između ostaloga to su: zarazne bolesti, hronične masovne nezarazne bolesti, zdravi stilovi života, analiza životnih namirnica i predmeta  opće upotrebe, analiza vode ( javno vodoosnabdjevanje, sportke i rekreativne vode, bazeni  i odlaganje otpadnih materija, podaci laboratorijske dijagnostike i analiza, a uz to i različite pokazatelje organizacije i rada zdravstvenog sistema Tuzlanskog kantona.

Zavod za javno zdravstvo Tuzlanskog kantona ima sljedeće organizacione jedinice:

U svom svakodnevnom radu Zavod, provodi potrebne mjere sprečavanja (prevencije) i suzbijanja (intervencije) bolesti među stanovništvom. Pri tome Zavod za javno zdravstvo kao centralna javnozdravstvena ustanova u sistemu zdravstva  na Tuzlanskom kantonu, stručno usmjerava i koordinira rad higijensko-epidemioloških službi sa 13 općina Tuzlanskog kantona, kao i drugih javnih i privatnih zdravstvenih ustanova, kao i ustanova van zdravstva, koje u svom poslovanju obavljaju djelatnost koja postoji na osnovu Zakona o evidencijama u oblasti zdravstva. Zavod je centar za obrazovanje svih javnozdravstvenih i preventivnih profila zdravstvenih radnika i saradnika, a također i naučno nastavna baza Medicinskog, farmaceutskog i Tehnološkog fakulteta.